Gobierno de la Confederación Perú-Boliviana

El Poder Ejecutivo Central estaba en manos de Santa Cruz con el título de Protector de la Confederación, en consideración a los votos de las asambleas de Sicuani, Huaura y Tapacarí. Su cargo debía durar por 10 años, pudiendo ser reelegido; esto último no procedía en caso de haber sido destituido de su cargo por el Senado. De él dependían las aduanas generales y la administración general de correos, así como todos los nombramientos diplomáticos, militares y navales. Era también Generalísimo de las fuerzas de mar y tierra de las repúblicas confederadas. Ejercía el poder ejecutivo del estado en el cual se hallase. Nombraba y removía a los ministros de Estado y a los demás empleados públicos, pudiendo crear nuevos ministerios. Elegía a los presidentes de los estados confederados, a los senadores del Congreso General y a los ministros de las tres cortes supremas de entre los propuestos en terna por sus respectivos senados. Presentaba a la silla apostólica a los arzobispos y obispos de las tres repúblicas. Podía disolver el Congreso General, cuando manifiestamente se apoderase de las cámaras un espíritu de desorden que amenazara la paz interior de la confederación.

Una de las atribuciones del Protector era nombrar y/o remover a los ministros de Estado y a los demás empleados públicos, pudiendo también crear nuevos ministerios.

Entre las atribuciones del Protector estaban elegir a los Presidentes de cada uno de los tres Estados Confederados de la terna de individuos que proponga el Congreso de cada una de ellos. También podía ejercer el poder ejecutivo del Estado en el que se hallare, en conformidad con sus leyes propias. Por lo que el titular del poder ejecutivo de cada estado era Santa Cruz, ejerciéndola de manera simultánea, aunque en su ausencia se le permitió delegar el mando en alguna persona o personas de confianza, cuando se ausentara del Estado.

El Poder Legislativo General estaría compuesto por dos Cámaras: una de Senadores, de 15 miembros (cinco por Estado), y otra de Representantes, de 21 miembros (7 por Estado). Se reunían cada dos años por cincuenta días, pudiendo prorrogarse a juicio del Ejecutivo. Podía ser convocado extraordinariamente por el gobierno, debiendo tratar exclusivamente de los asuntos que le impusiera este. Todo ello lo convertía en una especie de caricatura de poder legislativo.

• Los senadores debían ser nombrados por el Protector de entre los propuestos por los Colegios Electorales de cada departamento.
• Los representantes debían ser elegidos por el Congreso General de la confederación, de entre los propuestos por los Colegios Electorales de cada una de las repúblicas confederadas.