Anexo:Software para alineamiento de secuencias

Esta lista de software para alineamiento de secuencias es una compilación de herramientas software y portales web usados en alineamiento de secuencias de pares y alineamiento múltiple de secuencias. Ver Anexo:Software para alineamiento estructural para alineamiento estructural de proteínas.

Sólo búsquedas en bases de datos

Nombre	Descripción	Tipo de secuencia*	Enlace
BLAST	Búsqueda local de k-tuplas (Basic Local Alignment Search Tool)	Ambos	NCBI EBI DDBJ DDBJ (psi-blast) GenomeNet PIR (Sólo proteínas)
Extensión combinatoria	Búsqueda de alineamiento estructural	Proteína	servidor
FASTA	Búsqueda local de k-tuplas	Ambos	EBI DDBJ GenomeNet PIR (Sólo proteínas)
GGSEARCH / GLSEARCH	Alineamiento con estadística Global:Global (GG), Global:Local (GL)	Proteína	servidor FASTA
HMMER	Búsqueda de perfiles ocultos de Markov	Proteína/ADN	Descargar (S. Eddy) DDBJ (HMMPFAM)
IDF	Inverse Document Frequency	Ambos	Descargar
Infernal	Búsqueda SCFG de perfil	ARN	Descargar (S. Eddy)
SAM	Búsqueda de perfiles ocultos de Markov	Proteína/ADN	SAM (K. Karplus, A. Krogh)
SSEARCH	Búsqueda Smith-Waterman (más sensible que FASTA)	Ambos	servidor EBI DDBJ
SWIMM	Búsqueda Smith-Waterman en arquitecturas multicore y manycore de Intel	Proteína	Descargar (Rucci et al [1])
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido

Alineamiento múltiple de secuencias

Nombre	Descripción	Tipo de secuencia*	Tipo de alineamiento Type**	Enlace	Autor	Año
ABA	Alineamiento A-Bruijn	Proteína	Global	descargar	B.Raphaelet al.	2004
ALE	Alineamiento manual; alguna asistencia software	Nucleótidos	Local	descargar	J. Blandy y K. Fogel	1994 (última versión 2007)
AMAP	Annealing de secuencias	Ambos	Global	servidor	A. Schwartz y L. Pachter	2006
BAli-Phy	Alineamientos árbol+multi; probabilísticos/bayesianos; joint estimation	Ambos	Global	WWW+descargar	BD Redelings y MA Suchard	2005 (última versión 2013)
CHAOS/DIALIGN	Alineamiento iterativo	Ambos	Local (preferida)	servidor	M. Brudno y B. Morgenstern	2003
ClustalW	Alineamiento progresivo	Ambos	Local o Global	descargar EBI DDBJ PBIL EMBNet GenomeNet	Thompson et al.	1994
CodonCode Aligner	Multi-alineamiento; soporte ClustalW y Phrap	Nucleótidos	Local o Global	descargar	P. Richterich et al.	2003 (última versión 2007)
DIALIGN-TX y DIALIGN-T	Método basado en segmentos	Ambos	Local (preferida) o Global	descargar y servidor	A.R.Subramanian	2005 (última versión 2008)
ADN Baser	Multi-alineamiento	Ambos	Local o Global + post-proceso	ADN Baser (comercial)	M. Gabriel	publicado en 2005
Ed'Nimbus	Seeded filtration	Nucleótidos	Local	servidor	P. Peterlongo et al.	2006
Geneious	Alineamiento progresivo/iterativo; plugin para ClustalW	Ambos	Local o Global	descargar	A.J. Drummond et al.	2005 / 2006
Kalign	Alineamiento progresivo	Ambos	Global	servidor EBI MPItoolkit	T. Lassmann	2005
MSA	Programación dinámica	Ambos	Local o Global	descargar	D.J. Lipman et al.	1989 (modificado 1995)
PRRN/PRRP	Alineamiento iterativo (especialmente refinamiento)	Proteína	Local o Global	PRRP PRRN	Y. Totoki (basado en O. Gotoh)	1991 y posteriores
POA	Modelo oculto de Markov/orden parcial	Proteína	Local o Global	descargar	C. Lee	2002
SAM	Modelo oculto de Markov	Proteína	Local o Global	servidor	A. Krogh et al.	1994 (versión más reciente 2002)
MAFFT	Alineamiento progresivo/iterativo	Ambos	Local o Global	GenomeNet MAFFT	K. Katoh et al.	2005
MAVID	Alineamiento progresivo	Ambos	Global	servidor	N. Bray y L. Pachter	2004
MULTALIN	Programación dinámica/clustering	Ambos	Local o Global	servidor	F. Corpet	1988
Multi-LAGAN	Alineamiento progresivo por programación dinámica	Ambos	Global	servidor	M. Brudno et al.	2003
MUSCLE	Alineamiento progresivo/iterativo	Ambos	Local o Global	servidor	R. Edgar	2004
ProbCons	Probabilístico/consistencia	Proteína	Local o Global	servidor	C. Do et al.	2005
PSAlign	Alineamiento preservando no-heurística	Ambos	Local o Global	descargar	S.H. Sze, Y. Lu, Q. Yang.	2006
SAGA	Alineamiento de secuencias por algoritmo genético	Proteína	Local o Global	descargar	C. Notredame et al.	1996 (nueva versión 1998)
T-Coffee	Alineamiento progresivo más sensible	Ambos	Local o Global	servidor	C. Notredame et al.	2000
RevTrans	Combina ADN y alineamiento de proteínas, por traducción inversa de alineamiento de proteínas a ADN.	ADN/Proteína (especial)	Local o Global	servidor	Wernersson y Pedersen	2003 (versión más reciente 2005)
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido. **Tipo de alineamiento: Local o global

Análisis genómico

Nombre	Descripción	Tipo de secuencia*	Enlace
SLAM	Predicción de genes, alineamiento, anotación (identificación de homología humano-ratón)	Nucleótido	servidor
Mauve	Alineamiento múltiple de genomas reorganizados	Nucleótido	descargar
MGA	Alineador múltiple de genomas	Nucleótido	descargar
Mulan	Alineamientos múltiples locales de secuencias de tamaño genómico	Nucleótido	servidor
Sequerome	Perfilado de información sobre alineamiento de secuencias recurriendo a los principales servidores/servicios	Nucleótido/péptido	servidor
AVID	Alineamiento global por pares con genomas completos	Nucleótido	servidor
SIBsim4 / Sim4	Programa diseñado para alinear una secuencia expresada de ADN con una secuencia genómica, permitiendo intrones	Nucleótido	descargar
Shuffle-LAGAN	Alineamiento glocal de pares de regiones de genoma completas	Nucleótido	servidor
ACT (Artemis Comparison Tool)	Sintenía y genómica comparativa	Nucleótido	servidor
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido

Predicción de motivos

Nombre	Descripción	Tipo de secuencia*	Enlace
MEME/MAST	Búsqueda y descubrimiento de motivos	Ambos	servidor
BLOCKS	Identificación de motivos sin huegos en la base de datos BLOCKS	Ambos	servidor
eMOTIF	Extracción e identificación de motivos cortos	Ambos	servidors
Gibbs motif sampler	Extracción estocástica de motivos por probabilidad estadística	Ambos	servidor (una de varias implementaciones)
TEIRESIAS	Extracción de motivos y búsqueda en base de datos	Ambos	servidor
PRATT	Generación de patrones para usar con ScanProsite	Proteína	servidor
ScanProsite	Herramienta de búsqueda de motivos en base de datos	Proteína	servidor
PHI-Blast	Búsqueda de motivos y herramienta de alineamiento	Ambos	servidor
I-sites	Biblioteca de motivos estructurales locales	Proteína	servidor
*Tipo de secuencia: Proteína o nucleótido

Benchmarking

Nombre	Enlace	Autores
BAliBASE	descargar	Thompson, Plewniak, Poch
HOMSTRAD	descargar	Stebbings, Mizuguchi
Oxbench	descargar	Raghava, Searle, Audley, Barber, Barton
PFAM	descargar
PREFAB	descargar	Edgar
SABmark	descargar	Van Walle, Lasters, Wyns
SMART	descargar	Letunic, Copley, Schmidt, Ciccarelli, Doerks, Schultz, Ponting, Bork

Visualizadores

Jalview es un visualizador de alineamientos múltiples de secuencias, que se usa para integrar los resultados de una predicción de estructura secundaria vía el servidor web JPred, con un alineamiento múltiple de secuencias dado como entrada o derivado durante la ejecución del algoritmo.

Referencias

Rucci E (July 2015). «An energy-aware performance analysis of SWIMM: Smith-Waterman implementation on Intel's Multicore and Manycore architectures». Concurrency and Computation: Practice and Experience. doi:10.1002/cpe.3598.

Enlaces externos

Pollard et al. (2004) (Texto completo libre de PubMed Central): los autores discuten LAGAN, CHAOS, y Dialign como las más efectivas herramientas comprobadas para determinados usos.

Véase también

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[1] Rucci E (July 2015). «An energy-aware performance analysis of SWIMM: Smith-Waterman implementation on Intel's Multicore and Manycore architectures». Concurrency and Computation: Practice and Experience. doi:10.1002/cpe.3598.