Un ex-agente de la CIA llamado John Reese es reclutado por un solitario millonario llamado Harold Finch para resolver una trama antes de que ocurra un crimen y su primer trabajo es inmiscuirse en la vida de una ayudante de fiscal señalada por la máquina que aparentemente tiene conexiones con policías corruptos

En su segunda misión, Reese tiene que proteger a una niña huérfana que, sin saberlo, una herencia familiar que es la causante de la fragmentación de su familia

Reese se infiltra en un grupo de paramilitares ladrones de bancos para salvar a uno de sus miembros que fue señalado por la máquina

La máquina señala a una doctora con un interés obsesivo por un banquero, ya que este es un violador que le arruinó la vida a su fallecida hermana

Un juez es extorsionado por delincuentes europeos para que libere a una ejecutiva que en realidad lava su dinero sucio

Una ''arregladora'' llamada Zoe Morgan está investigando a una compañía farmacéutica responsable de la muerte de una de sus empleadas

Un ''profesor de historia'' (que en realidad es un peligroso criminal llamado Carl Elias) es víctima de una trama de la mafia rusa

Un asesino de elite alemán a quien se creía muerto, regresa para vengarse de aquellos que lo traicionaron

Mientras Carter es un objetivo a eliminar, Reese se reencuentra con Mark Snow, un antiguo compañero de la CIA quien le tiende una emboscada

4 personas sin relación entre sí, son víctimas de una peligrosa trama criminal

Un conserje de un bloque de apartamentos es investigado por la máquina por ser en apariencia un acosador

Una abogada honesta se mete en una peligrosa trama de corrupción a fin de salvar a un cliente encarcelado injustamente

Un hombre es injustamente acusado del asesinato de un congresista por culpa de una peligrosa hacker que se hace llamar ''Root''

Un niño pandillero de Brooklyn desea vengarse de los responsables del asesinato de su hermano mayor

Un policía encubierto es consciente de que miembros de HR (Recursos Humanos) pueden arruinar su tapadera frente a unos pandilleros latinos

Un corredor de bolsa es relacionado injustamente en una estafa financiera que puede arruinar su relación con su padre adoptivo

Reese se ve obligado a proteger a un bebe recién nacido que es víctima de unos matones contratados por una celopata multimillonaria

Un hombre víctima de una clonación de identidad se hace pasar por un traficante de anfetaminas para acercarse al responsable de su desgracia

Los jefes de la mafia son víctimas de la oscura trama de Carl Elias

Tommy Clay es en apariencia un padre de familia, pero en realidad planeaba el robo de un banco y una negociación con el corrupto jefe de HR, Artie Lynch

Una mujer en apariencia fugitiva de la justicia, en realidad sufre el acoso de su violento esposo

Un empleado del gobierno sufre la ira del mismo después de inmiscuirse en los asuntos de la máquina

HR planea deshacerse de una psicóloga involucrada en una trama violenta

Después de matar a Alicia Corwin, Root mantiene cautivo a Finch, mientras Reese sigue su pista a través de un contable que tiene problemas con la Hermandad Aria, al final salva a un perro al que llama Bear

Reese se dirige a texas junto con Carter para salvar a Finch, a través de una pista que conecta a Root con su pasado

La hija de un diplomático brasileño es el objetivo a casar de un estafador que se hace pasar por su novio

Un matón irlandés tiene que protegerse de sus antiguos compañeros que le quieren matar

Reese tiene que proteger a una periodista que es el próximo objetivo a cazar de HR

Reese y Zoe Morgan se hacen pasar por un matrimonio en un condominio en Long Island para salvar a un ex-ladrón de bancos con un sentido de honestidad

Una doctora lesbiana se ve extorsionada por un cazarrecompensas británico que amenaza con matar a su esposa

El matrimonio de los Drake está a punto de romperse debido a las rencillas de ambos

Un disidente cubano se ve en problemas al adquirir un objeto de valor

Reese ayuda a una pareja de veteranos de guerra a recuperar el dinero que les fue arrebatado por culpa de un inescrupuloso ejecutivo, al final del episodio, Reese es arrestado

Mientras Reese esta en la cárcel, Finch se inmiscuye en la vida de un adolescente genio de las matemáticas con problemas emocionales

Reese es puesto a prueba en la cárcel para evitar que Donelly descubra su tapadera, aunque logra salir de prisión, es emboscado por Kara Stanton, a quien creía muerta en Ordos

Kara Stanton orquesta una mortal jugarreta con Reese y Snow para vengarse de ellos por intentar matarla, pero al final es eliminada por Snow cuando este detona su chaleco explosivo en su automóvil

En su primera misión fuera de la cárcel, Reese tiene que proteger a un inteligente pero inmaduro genio del software que por su actitud y personalidad, puede ser asesinado por los que en apariencia eran sus amigos

Una limpiadora de origen albanés en un hotel sufre la persecución de unos asesinos del gobierno serbio por ser testigo de la muerte de su familia a manos de un militar corrupto

La máquina señala a una disidente agente del ISA llamada Samanta Shaw que increíblemente trabajaba para personas que saben de la existencia de la misma

Alan Fahey, un asesino en serie se hace pasar por agente del FBI hasta que Finch llega a desenmascararlo

Un veterano apostador puede ser la tapadera perfecta para un inescrupuloso empresario dueño de un casino, mientras el detective Szymanski es víctima de un montaje planeado por Alonzo Quinn, quien termina acabando con su vida

Mientras Reese y Finch protegen a una mujer testigo de prácticas inescrupulosas en una empresa tecnológica, Cal Beecher se acerca demasiado a la verdad, lo que termina costándole la vida

Un médico veterano es víctima de una mortal trampa biológica, a la vez Fusco es investigado por la muerte del detective Stills (quien fue asesinado por Reese en el episodio piloto)

Cuando un virus provocado por Greer deja casi inservible la máquina, Finch es amenazado por Root para que le ayude a encontrar el origen de la misma

Después de reactivarse la máquina, Reese sigue la pista de Finch hasta una instalación gubernamental en el estado de Washington donde una confrontación acaba con el consejero especial muerto y con Root traumatizada y encerrada por Finch en un manicomio

El Equipo tiene la tarea de proteger a un marine que está a punto de experimentar la peor amenaza de su vida, debido a unos diamantes que su amigo robó a unos mercenarios

Un empresario creador de una red social en internet sufre el acoso de un grupo de ciber-terroristas llamados Vigilance, que promueven la privacidad de las personas en internet

Shaw, Carter & Zoe Morgan se infiltran en una fiesta nocturna para averiguar de la vida de Ian Murphy, un padre soltero en apariencia, un sociopata encantador, que en realidad tiene problemas con su suegro,a la vez, Root escapa del manicomnio no sin antes dispararle a Hersh

Una abogada defensora tiene problemas con la justicia tras la aparente muerte de su esposo

Shaw se ve en la misión de proteger a una niña rusa de 10 años que sabe mucho de la trama del tráfico de drogas que hay en Bronx, New York, trama que por supuesto involucra a los traficantes y a HR, liderado por Simmons y Quinn

Un investigador estatal es el objetivo de Vigillance, debido a que su hermano adoptivo tiene cuentas pendientes con el grupo liderado por Peter Collier, mientras Shaw se ve envuelta en un juego urdido por Root, que al final es atrapada y encerrada en la biblioteca por Finch

Hayden Price es en apariencia un Psiquiatra eficiente, en realidad es un estafador que se verá en problemas al meterse en los negocios turbios del corrupto oficial Patrick Simmons, mientras Carter da con evidencia para derribar a HR, no sin antes eliminar a Raymond Tierney

Carter inicia una guerra sucia entre los Rusos y los policías corruptos de HR, con tal de hacerlos caer

Reese es víctima de una cacería humana por todo New York, después de ayudar a Carter a llevar a Alonzo Quinn ante la justicia.

Patrick Simmons es buscado intensamente por la justicia por sus múltiples crímenes, entre las personas que lo buscan está Reese, quien quiere vengar la muerte de Carter, al final Simmons es asesinado por orden de Carl Elias

Recuerdos de la adolescencia de Finch proporcionan conocimientos sobre la creación de la máquina. Además, el equipo recibe el número de un hombre ya moribundo, y Reese deja al equipo POI como consecuencia de la guerra con la organización criminal HR

Root es disparada y capturada por Control. Además, se revela que Arthur ha hecho una copia de Samaritan antes de que fuera destruida. Harold le revela a Arthur que La Máquina existe y lo convence de que destruya a Samaritan.

Reese aborda un avión para escaparse de su vida anterior pero la máquina le cambia el itinerario, haciéndole tomar un vuelo que lo llevará a salvar una vida.

El siguiente caso del equipo es el de Kelli Lin, una ex gimnasta olímpico que ganó la medalla de plata y que luego se revela como un ladrón de antigüedades que ha sido siempre perseguido por la Interpol.

Cuando el número de Sandra, una operadora del 911, aparece, Harold se infiltra en el centro de llamadas 911. Más tarde, un niño es secuestrado y la llamada se enrutada específicamente a Sandra, a quien le ordenan eliminar los registros de llamadas a cambio de la vida del niño.

En 2010, Harold estaba trabajando con un hombre llamado Dillinger (Neil Jackson), un mercenario ex Blackwater que realiza las mismas funciones que actualmente desempeña Reese. El nuevo número es el de Daniel Casey (Joseph Mazzello), un hacker que pone a prueba los sistemas de seguridad informática. Ellos pronto descubren que varias partes están tratando de eliminar Casey, incluyendo Reese y Stanton (secretamente organizado por Control). Dillinger salva a Casey y lo lleva a Harold, que se da cuenta de que el último trabajo de Casey era encontrar una manera de acceder a la máquina.

La Máquina ordena a Root a realizar varias tareas, como ayudar a escapar un convicto y usarlo para hacerse pasar por un empleado del Departamento de Defensa con el fin de obtener una nota secreta. Después, ella y el equipo de Harold casualmente llegan a la misma persona, un conserje. Más tarde resulta que la NSA ha estado probando un chip de supercomputación avanzada y el conserje fue una de las 15 personas que tenían acceso al laboratorio de desarrollo. Esto hace que tanto Décima y Vigilancia vengan tras él. Mientras que Harold y las asignaciones de su equipo eran para proteger al portero, Root tuvo que impedir que el chip cayera en manos de Décima. Son capaces de salvar al portero, pero Décima obtiene el chip.

El equipo recibe el número de Maria Martinez (Nazneen Contractor), una ingeniera que trabaja para la compañía internacional de energía HydralCorp. La siguen y se enteran de que ella está trabajando para limpiar el nombre de Omar Risha (Haaz Sleiman), un hombre de Irak sospechoso de ser un terrorista.

El equipo es testigo de su nuevo número, Leona Wainwright es asesinada por un coche bomba. Ella trabajaba para las autorizaciones de seguridad de gestión del gobierno; Finch deduce de la información del celular que fue asesinada por Vigilancia. Su próximo número, el fiscal Mateo Reed (Nestor Carbonell), llega poco después, y Reese y Shaw se envían a una reunión de secundaria en Westchester para impedir el futuro asesinato.

El nuevo número es el congresista Roger McCourt (John Heard), un negociador autodenominado; el equipo está desconcertado al principio, ya que él no tiene enemigos y no parece haber ningún peligro para su vida. Con el tiempo descubren una conexión con Décima: McCourt admite estar de acuerdo para ayudar a Décima con una legislación favorable en el Congreso (de conceder el acceso Décima a la vigilancia del gobierno) y así poder encontrar a Finch con Samaritan. Reese llega a la conclusión de que ellos son el único peligro ya que la máquina los marcó para que los asesinen y así mantener oculto al equipo.

Con Finch habiendo desaparecido, Décima inicia su plan con Samaritan, y cuando no puede encontrar a Finch, buscan su vínculo más estrecho y el número recibido es el de su novia, Grace. La máquina también proporciona el número de Grace como resultado, y Reese, Shaw y Root trabajan para protegerla mientras evaden a Décima, que usa a Samaritano para espiarlos dentro de la gama de Nueva York.

En una serie de FlashBacks a 2010, la narrativa revela la historia de fondo de Collier, el rostro de Vigilancia.

Los FlashBacks muestran cómo Collier fue reclutado por Vigilancia. Reese y Hersh buscar el lugar de celebración del juicio. El asistente presidencial se para en el podio, y Collier lo mata después de que él se convierte en desafiante. El senador se niega a identificar a su superior, pero sin darse cuenta delata que él reporta a Control. Finch se pone de pie y le confiesa que él es el autor de La Máquina. Con un puesto de mando de Vigilancia ahora comprometida, Collier lleva a Finch, Greer y al senador a un lugar seguro. Samaritan es puesto en línea. Shaw, Root, Reese y Finch se dirigen en diferentes direcciones con nuevas identidades para evitar ser rastreados. Samaritan le pide a Greer indicaciones. Greer le pregunta qué debe hacer ahora su equipo. El episodio finaliza con la pantalla de Samaritan mostrando "Calculando Respuesta".