El Centro de Ciencias Humanas y Sociales (CCHS) es el gran centro de investigación del CSIC dentro del Área de Humanidades y Ciencias Sociales y está situado en Madrid. Está formado por seis institutos: el Instituto de Economía, Geografía y Demografía, el Instituto de Filosofía, el Instituto de Historia, el Instituto de Lenguas y Culturas del Mediterráneo y Oriente Próximo, el Instituto de Lengua, Literatura y Antropología y el Instituto de Políticas y Bienes Públicos.

Además del Centro de Ciencias Humanas y Sociales, se encuentran dentro de esta área otros centros de carácter más específico situados en otras ciudades españolas:

• Escuela de Estudios Árabes (EEAA), Granada
• Escuela de Estudios Hispano-Americanos (EEHA), Sevilla
• Instituto de Análisis Económico (IAE), Barcelona
• Instituto de Estudios Gallegos Padre Sarmiento (IEGPS), Santiago de Compostela
• Instituto de Estudios Sociales Avanzados (IESA), Córdoba
• Institución Milá y Fontanals (IMF), Barcelona
• Instituto de Ciencias del Patrimonio (Incipit), Santiago de Compostela
• Instituto de Gestión de la Innovación y del Conocimiento (INGENIO), Valencia

Existen dos centros especializados en historia antigua y arqueología. Uno de ellos se encuentra en Mérida y otro en Roma:

• Escuela Española de Historia y Arqueología (EEHAR), Roma, Italia
• Instituto de Arqueología (IAM), Mérida

• Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (CABD), Sevilla
• Centro Andaluz de Biología Molecular y Medicina Regenerativa (CABIMER), Sevilla
• Centro de Biología Molecular Severo Ochoa (CBMSO), Madrid
• Centro de Investigación Cardiovascular (CIC), Barcelona
• Centro de Investigaciones Biológicas Margarita Salas (CIB Margarita Salas), Madrid
• Centro Internacional de Neurociencias Cajal (CINC), Alcalá de Henares (Madrid)
• Centro Nacional de Biotecnología (CNB), Madrid
• Instituto de Biología Evolutiva (IBE), Barcelona
• Instituto de Biología Molecular y Celular del Cáncer de Salamanca (IBMCC), Salamanca
• Instituto de Biología Molecular de Barcelona (IBMB), Barcelona
• Instituto de Biología Molecular Eladio Viñuela (IBMEV), Madrid
• Instituto de Biología y Genética Molecular (IBGM), Valladolid
• Instituto de Biomedicina de Sevilla (IBIS)
• Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), Valencia
• Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria (IBBTEC)
• Instituto de Investigaciones Biomédicas Alberto Sols (IIB)
• Instituto de Investigaciones Biomédicas de Barcelona (IIBB)
• Instituto de Microbiología Bioquímica (IMB)
• Instituto de Neurociencias (IN), Alicante
• Instituto de Productos Naturales y Agrobiología (IPNA), Tenerife
• Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SYSBIO), Valencia
• Misión Biológica de Galicia (MBG), Pontevedra
• Instituto de Biología Funcional y Genómica (IBFG), Salamanca

• Centro de Ciencias Medioambientales (CCMA), Madrid
• Centro de Estudios Avanzados de Blanes (CEAB), Gerona
• Centro de Investigaciones sobre Desertificación (CIDE), Valencia
• Estación Biológica de Doñana (EBD), Sevilla.
• Estación Experimental de Zonas Áridas (EEZA) Almería
• Instituto Andaluz de Ciencias de la Tierra (IACT), Granada
• Instituto de Ciencias de la Tierra Jaume Almera (ICTJA)
• Instituto Mediterráneo de Estudios Avanzados (IMEDEA), Islas Baleares
• Instituto de Recursos Naturales (IRN)
• Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Salamanca (IRNASA)
• Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología Sevilla (IRNAS)
• Instituto Pirenaico de Ecología (IPE)

El CSIC cuenta con cuatro centros de oceanografía o ciencias del mar. Dos de ellos se encuentran en Barcelona, uno en Cádiz y otro en Vigo:

• Centro Mediterráneo de Investigaciones Marinas y Ambientales (CMIMA), Barcelona
• Instituto de Ciencias del Mar (ICM), Barcelona
• Instituto de Ciencias Marinas de Andalucía (ICMAN)
• Instituto de Investigaciones Marinas (IIM), Vigo

• Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura (CEBAS), Región de Murcia
• Consorcio CSIC-IRTA-UAB Centre de Recerca Agrigenomica, (CRAG), Barcelona
• Estación Experimental Aula Dei (EEAD), Zaragoza
• Estación Experimental La Mayora (EELM), Málaga
• Estación Experimental del Zaidín (EEZ), Granada
• Instituto Agricultura Sostenible (IAS), Córdoba
• Instituto de Acuicultura de Torre de la Sal (IATS), Castellón
• Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas Eduardo Primo Yúfera (IBMCP), Valencia
• Instituto de Agrobiotecnología (IDAB), Navarra
• Instituto de Bioquímica Vegetal y Fotosíntesis (IBVF)
• Instituto de Ciencias Agrarias (ICA)
• Instituto de Ganadería de Montaña (IGM), Vega de Infanzones (León)
• Instituto de Investigaciones Agrobiológicas de Galicia (IIAG), Santiago de Compostela

• Centro de Física de Materiales (CFM), San Sebastián).
• Centro de Física Miguel Antonio Catalán (CFMAC), Madrid
• Instituto de Tecnologías Físicas y de la Información Leonardo Torres Quevedo (ITEFI)
• Instituto de Física Corpuscular (IFIC), Valencia
• Instituto de Física de Cantabria (IFCA)
• Instituto de Física Fundamental (IFF)
• Instituto de Física Interdisciplinar y Sistemas Complejos (IFISC), Islas Baleares
• Instituto de Física Teórica (IFTE)
• Instituto de Óptica "Daza de Valdés" (IO)
• Unidad de Biofísica (UBF)
• Centro Nacional de Microelectrónica (CNM). Forman parte del CNM los siguientes tres institutos:
  • Instituto de Microelectrónica de Madrid (IMM-CNM)
  • Instituto de Microelectrónica de Barcelona (IMB-CNM)
  • Instituto de Microelectrónica de Sevilla (IMS-CNM)
• Instituto de Robótica e Informática Industrial (IRII)
• Centro de Automática y Robótica (CAR), Madrid
• Centro de Tecnologías Físicas y de la Información Leonardo Torres Quevedo (CETEF), Madrid
• Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular (I3M), Valencia

En esta área, hay varios institutos especializados en Ciencias del espacio:

• Centro de Astrobiología (CAB), Madrid.
• Instituto de Ciencias del Espacio (ICE)

Y también en Matemáticas:

• Instituto de Ciencias Matemáticas (ICMAT), Madrid.

Existen cuatro institutos genéricos de ciencia de materiales:

• Instituto de Ciencia de Materiales de Aragón (ICMA)
• Instituto de Ciencia de Materiales de Barcelona (ICMAB)
• Instituto de Ciencia de Materiales de Madrid (ICMM)
• Instituto de Ciencia de Materiales de Sevilla (ICMS)

Además de estos cuatro institutos genéricos, existen otros con un enfoque más especializado:

• Centro de Investigación en Nanomateriales y Nanotecnología, (CINN), El Entrego (Principado de Asturias)
• Centro de Investigación en Nanociencia y Nanotecnología, (CIN2), Barcelona
• Centro Nacional de Aceleradores (CNA), Sevilla
• Centro de Seguridad y Durabilidad Estructural de Materiales, (CISDEM), Madrid
• Centro Nacional de Investigaciones Metalúrgicas (CENIM), Madrid
• Instituto de Cerámica y Vidrio (ICV)

• Centro de Edafología y Biología Aplicada del Segura (CEBAS), Región de Murcia
• Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (IATA), Valencia
• Instituto de Ciencia y Tecnología de Alimentos y Nutrición (ICTAN), Madrid
• Instituto de Investigación en Ciencias de la Alimentación (CIAL), Madrid
• Instituto de la Grasa (IG), Sevilla
• Instituto de Productos Lácteos de Asturias (IPLA), Villaviciosa (Asturias)

• Instituto de Química Avanzada de Cataluña (IQAC)
• Instituto de Química Física Rocasolano (IQFR), Madrid
• Instituto de Química Médica (IQM)
• Instituto de Ciencia y Tecnología del Carbono (INCAR), Oviedo
• Instituto de Tecnología Química (ITQ), Valencia

El CSIC cuenta con dos centros de química orgánica, ambos radicados en Madrid:

• Instituto de Química Orgánica General (IQOG)
• Centro de Química Orgánica Lora Tamayo (CENQUIOR), Madrid

• Centro de Acústica Aplicada y Evaluación no Destructiva (CAEND), Madrid
• Centro de Investigación y Desarrollo Pascual Vila (CID), Barcelona
• Centro de Investigaciones Científicas Isla de la Cartuja (CICIC), Sevilla
• Instituto Botánico de Barcelona (IBB), Barcelona
• Instituto Cajal (IC), Madrid
• Instituto de Acústica (IA), Madrid
• Instituto de Astrofísica de Andalucía (IAA), Granada
• Red BOOTES del IAA
• Instituto de Astronomía y Geodesia (IAG), Granada
• Instituto de Automática Industrial (IAI), Madrid
• Instituto de Carboquímica (ICB)
• Instituto de Catálisis y Petroleoquímica (ICP), Madrid
• Instituto de Ciencia y Tecnología de Polímeros (ICTP)
• Instituto de Ciencias de la Construcción Eduardo Torroja (IETCC)
• Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino (ICVV)
• Instituto de Diagnóstico Ambiental y Estudios del Agua (IDAEA)
• Instituto de Estructura de la Materia (IEM)
• Instituto de Estudios Documentales sobre Ciencia y Tecnología (IEDCYT)
• Instituto de Fermentaciones Industriales (IFI)
• Instituto de Geología Económica (IGE)
• Instituto de Historia de la Medicina y de la Ciencia López Piñero (IHCD), Valencia
• Instituto de Investigación en Inteligencia Artificial (IIIA)
• Instituto de Investigación en Recursos Cinegéticos (IREC)
• Instituto de Óptica Daza de Valdés (IO)
• Instituto de Parasitología y Biomedicina López Neyra (IPBLN), Granada
• Instituto de Productos Naturales y Agrobiología (IPNA)
• Instituto del Frío (IF)
• Instituto Nacional del Carbón (INCAR)
• Laboratorio de Investigación en Tecnología de la Combustión (LITEC)
• Museo Nacional de Ciencias Naturales (MNCN), Madrid
• Observatorio de Física Cósmica del Ebro (OE)
• Real Jardín Botánico (RJB)
• Unidad de Tecnología Marina (UTM), Barcelona y Vigo

Desvinculado:

• Instituto Salazar y Castro de Genealogía, Heráldica y Nobiliaria (Madrid), traspasado a la Real Asociación de Hidalgos a Fuero de España